Bu müze, Edirne merkez Yeniimaret semtinde bulunan Sultan II.Bayezid Külliyesi Darüşşifası bünyesinde hayata geçirilmiş olup, Trakya Üniversitesi’nin, kültürel miras ve korumacılık alanında gerçekleştirdiği en büyük projelerden biridir.Bu projeyle, Osmanlı İmparatorluğu’nun ikinci başkenti olan Edirne’nin önemli bir eserinin yıkılıp gitmesi önlenmiş ve bu şehrin turizm hayatına önemli bir marka kazandırılmıştır. Trakya Üniversitesi’nin bu önemli yapılara sahip çıkmasının altında, Edirne’nin yükseköğretim ve tıp tarihine sahip çıkması yatmaktadır. Çünkü 1488 yılında hizmete giren bu külliyenin medresesi döneminin temel tıp bilimlerinin öğretildiği bir üniversite konumundaydı, hastanesi ise bu öğrencilerin uygulama yaptıkları yerdi. Günümüzde de hem tıp eğitimi ve uygulaması veren Trakya Üniversitesi, bundan beş yüz yıl öncesinin eğitim ve uygulama anlayışını da günümüzde yaşatarak tarihe karşı olan sorumluluğunu da ortaya koymaktadır. Edirne’nin Ruslar tarafından işgal edildiği Osmanlı-Rus Savaşı sonrasında başlayan ve Balkan Savaşları ile zirveye ulaşan Edirne’nin kötü günleri, külliye gibi birçok yapının da sahipsiz kalmasına yol açmıştır. Cumhuriyet sonrası yaşanan ekonomik sıkıntılar ve kültürel mirasa gereken önemin verilmemesi nedeni ile yıkılıp yok olma tehlikesi ile karşı karşıya kalan tarihimizin bu önemli yapıları, 1984 yılında Trakya Üniversitesi’ne devredilmiş ve bir restorasyon süreci sonrasında, eğitim alanları olarak kullanılmaya başlanmıştır. 1997 yılında müzeye dönüştürülen külliyenin darüşşifa bölümü, dünyanın en prestijli müzecilik ödüllerinden olan Avrupa Konseyi 2004 Yılı Avrupa Müze Ödülü’nü alarak önemli bir tanıtım fırsatı yakalamıştır. Burada 500 yıl öncesinin bir “Osmanlı bimarhanesi” (bimar:hasta, hane:ev) canlandırılmıştır. Tedavide, dönemin hekimlik bilgilerinin yanı sıra müziğin, su sesinin, güzel kokuların ve meşguliyetin kullanıldığı bu mekanlar geçmişi zengin bir görsel anlatımla günümüze taşımaktadır. Daha birinci avluya girince musikinin güçlü nağmeleri sizi sarıyor. Müzenin ana mekanı olan “Psikiyatri Tarihi Bölümü” ne girince kendinizi yüzyıllar öncesinin bir müzik terapi ortamında buluyorsunuz. Ortadaki havuzun şadırvanından akan suyun sesi, neyin mistik sesiyle birleşerek sizi bir zaman yolculuğuna çıkarıyor. Başarılı bir canlandırma... Hastalar, hekimler, hasta bakıcılar, hanende ve sazendeler canlı gibi karşımızda duruyor... Işık ve ses düzeni bu canlandırmayı bütünlüyor... Tüm bunlar, Edirne’de Tunca Nehri kenarında mimarlık tarihimizin en görkemli yapılarından birinde yaşanıyor. Buna yapılar topluluğu demek daha doğru olur.Son derece başarılı taş işçiliği ile camisi, imareti, tabhanesi (misafirhane), köprüsü, medresesi ve şifahanesi...Birbirini tamamlayan yapılardan oluşan külliye burası. Mimarisi ilk bakışta insanın gözünü okşuyor. Yüzün üzerinde irili ufaklı kubbe külliyeye mistik bir görünüm kazandırıyor.Birbirini tamamlayan grafik yapılar zarif bir bütünlük oluşturuyor.Henüz çok genç olmasına rağmen, önemli başarılara imzasını atan, Edirne’nin kültür hayatının önemli merkezlerinden biri haline gelen bu müze, önümüzdeki dönemlerde, külliyenin diğer bölümlerini de içine alarak daha da büyüyerek farklı bir müzecilik anlayışı ile tarihi değerlerimizi dünyaya tanıtmaya devam edecektir. Külliye'nin kuruluş amacı, dönemin en önemli şehirlerinden ve 2. başkent konumundaki Edirne'yi bir darruşşifaya (Hastane) kavuşturmaktı. Geniş amaçlı düşünülen,Külliyedeki diğer üniteler ise hastane hizmetini doğrudan veya dolaylı olarak tamamlayan sosyal, kültürel ve dini nitelikteki yapılardır. Tüm birimlerin aynı amaca yönelik hizmetleri döneminin sağlık ve sosyal yardım anlayışını yansıtmaktadır. Tüm yapılar topluluğunun 4 yıl gibi kısa bir sürede bitirilmesi ise imparatorluğun ekonomik ve teknik gücünün bir göstergesidir.