Amasya Şehzadeler Müzesi, 1800'lü yıllarda inşa edilen ve mal sahibi tarafından 1986 yılında yıktırılan, Yalıboyu evleri olarak isimlendirilen 67 tescilli konaktan birisidir. 2007 yılında Amasya Valiliği tarafından aslına uygun olarak inşa edilen bina, İl Özel İdaresi Özel Şehzadeler Müzesi olarak 2008 tarihinde ziyarete açılmıştır. Müze; Alçak Köprünün sol başında, Hatuniye Mahallesi girişinde, Yeşilırmak Nehri kıyısında, Eski Sur Duvarları üzerine kurulmuş olup, iki katlı ahşap binadan oluşmaktadır.Alt katta Amasya'da valilik yapan fakat sultan olma fırsatı bulamayan şehzadelerin balmumu heykelleri, üst katta ise Amasya'da valilik yapıp, sonra Osmanlı Devleti'nde sultan olan(Şehzade) padişahların balmumu heykelleri sergilenmektedir. Müzenin iç tasarımında söz konusu sultanların yaşamış oldukları yaklaşık 150 yıllık bir zaman diliminin etkin sanat unsurlarına yer verilmiştir. Müzeye hâkim olan alçı üzeri kalem işi desenler, duvarları süsleyen çini panolar, tavan göbekleri, hat, tezhip, minyatür ve ebrular 14., 15. ve 16. yüzyıl sanat anlayışını yansıtmaktadır. Alt katta yer alan çini pano 20x20 cm ebatında 150 parçadan oluşmaktadır. Sağlı sollu rumi desenler arasına yerleştirilen cennet servileri birçoğu genç yaşta hayata veda eden şehzadelerin cennete gittiklerini ifade etmektedir. Üst kattaki çini panoda ise 20x20 ebatında 160 parçalık bir kompozisyon yer almaktadır. Sağ ve solda yer alan lale motiflerinin arasına yerleştirilen hayat ağacı evrenin sıkça değişip geliştiğini, aynı zamanda köklü yerleşme ve kök salmayı anlatmaktadır. Müzedeki halıların tamamı el dokuması, kök boyası kullanılarak yapılmış yün halılardır.