Marmaris Arkeoloji Müzesi, tarihi bir mekânda Marmaris Kalesi'nde hizmet vermektedir. Herodotos, Marmaris'te ilk surların, M.Ö. III. binde yapıldığını yazmıştır. Bu dönemde bir Karia kenti olan Physkos (Marmaris), bu gün olduğu gibi Ege Denizi ve Akdeniz arasında bir geçiş noktasıdır. Kentin limanı Rodos ve Mısır'a açılan ticaret yollarıyla çağlar boyunca önemini korumuştur. 19. yüzyıl araştırmacısı Charles Texier eserinde; kalıntıları Fineks Dağları'nda bulunan Physkos Körfezi'ne hakim bir kaleden söz etmiştir. M.Ö. 334 yılında, Marmaris'i işgal eden Büyük İskender'in startejik öneminden ötürü kaleyi onarttığı bilinmektedir.