İlk olarak 1929 yılında Selçuk'ta bir depo oluşturulmuş, kazılarda bulunan ve çevreden toplanan eserler buraya getirilmiştir. 1964 yılında bu gün kullanılan müzenin güneyindeki bölümün inşası tamamlanmış ve eserler sergilenmeye başlanmıştır. Birkaç salondan oluşan müze, kazılardan getirilen eserler için yeterli gelmediğinden 1976 yılında kuzey bölümü inşa edilerek genişletilmiştir. Müze, arkeoloji ve etnografya (arasta) olmak üzere iki ana bölümden oluşmaktadır.