Tarihi çağlar içinde Çukurova'nın önemli bir kültür merkezi olan Tarsus, M.Ö. 7000'den günümüze kadar kesintisiz yerleşim ve kültür merkezi olmuştur.Tarsus, 17-18. yüzyıl arasında yabancı seyyahların dikkatlerini çekmiş ve yabancı araştırmacıların uğrak yeri haline gelmiştir. Yapılan araştırmalarda Tarsus'un Çukurova tarihinde önemi artmıştır. Bu nedenle, 1937-1948 yılları arasında bugünkü Tarsus yerleşim merkezinde bulunan Gözlükule Höyüğü'nde Hetty Goldman tarafından yapılan bilimsel kazılarda ortaya çıkan kültür verileri antik dönem Çukurova tarihine ışık tutmuştur. Bu kazıda çıkan taşınır kültür varlıkları en yakın Adana Müzesi'ne nakledilmiştir. Ayrıca 1943-1944 yıllarında Tarsus şehir merkezinde yapılan Adliye binası temel hafriyatında çıkan M.S. 3-4. yüzyıla tarihlenen mozaikler bugün Hatay Müzesi'nde sergilenmektedir. Toprakaltı tarihi dokusu ile modern Tarsus yerleşim merkezi sokakları ve meydanlarında bulunan tarihi mimarî eserlerin yoğunluğu ve kent merkezinde yapılan hafriyatlarda ortaya çıkan eserlerin çokluğu, 1969-1970 yıllarında ilk defa Tarsus'ta müze kurulması düşüncesini doğurmuştur.Kent merkezinde M.S. 1450 yıllarında Çukurova'da kurulan Ramazanoğulları Beyliği zamanında, Ramazanoğlu beylerinden Kubad Paşa tarafından yaptırılan Kubad Paşa Medresesi'nde, 1969-1970 yıllarında toplanmaya başlayan eserlerle müze oluşmaya başlamış ve 1971 yılında ilçede resmi olarak müze açılmıştır. Müze binasında Tarsus merkezi ve çevresinde bulunan taşınır mimarî eserler yanında, satın alma, müsadere, kazılar yolu ile müzeye intikal eden toplam 35.000 eser bulunmaktadır. Mevcut müze binasının yetersiz kalması nedeni ile yapımı 1998'de tamamlanan 75.Yıl Tarsus Kültür Merkezi Binası kompleksi içinde yer alan yeni modern müze binasının açılış çalışmaları devam etmektedir. Yine 18-19. yüzyıldan kalan St. Paul Kilisesi'nde 2000 yılı inanç turizmine hizmet verecek şekilde restorasyon ve çevre düzenleme çalışması sürdürülmektedir.