Muğla Müzesi, Adliye'nin arkasında eski cezaevi binasında bulunmaktadır. 1992 yılı sonlarında Özlüce Köyü Kaklıcatepe'de yapılan kazılar sonucunda birçok hayvan ve bitki fosili çıkarılmıştır. Bu kazılarda çıkarılan fosillerin 1994'te sergilenmeye başlamasıyla müze ziyarete açılmıştır.Muğla Müzesi'nde sergilenen fosiller günümüzden 5-9 milyon yıl önce yaşamış olan canlılara aittir. Bu canlılar, Doğu Asya'dan İspanya'ya kadar uzanan geniş bir alanda yaşamış ve yok olmuş canlılardır. Bu dönem canlılarına ait fosiller ilk defa İspanya'nın Tervel Havzası'nda bulunduğundan, bu döneme Turolian denilmektedir. Kazılarda zürafagiller, boynuzlugiller, gergedangiller, hortumlu memeliler, domuzgiller, atgiller ve etçilere ait fosiller ile çok sayıda bitki fosilleri bulunmuştur. Bunların bir kısmı müze doğa tarihi bölümünde sergilenmektedir.Muğla Müzesi'nde, ziyarete açık olan bir başka bölüm de etnografya seksiyonudur. Muğla'nın çeşitli yörelerinden giyim kuşam ve günlük kullanım eşyaları bu bölümde sergilenmektedir.