Müze Eskişehir-Afyon karayolu üzerinde, Eskişehir'e bağlı Seyitgazi İlçesi'nde bulunan tarihî Seyyid Battalgazi Külliyesi'nin müderris odaları ve dershane bölümlerinde faaliyet göstermektedir. Yapı olarak iyi korunmuş külliyenin içerisinde tarihî kişiliklere ait türbeler bulunmaktadır. Bu yapı Selçuklu ve Osmanlı Dönemi mimarî özelliklerini göstermesi bakımından önemlidir.Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü'nün teşhir müsadesi ile 1966 yılında Seyitgazi Turizm Derneği tarafından ziyarete açılmıştır. Bu mekân 1970 yılında, yeniden düzenlenerek Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü'ne bağlı Müze Memurluğu olarak faaliyetine devam etmiştir. Halen Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak Seyitgazi çevresinden çeşitli yollarla derlenen eserlerin sergilendiği mekîn müdürlük statüsünde faaliyetine devam etmektedir. Eskişehir-Afyon arasında bulunan, kuzey-güney doğrultusunda uzanan, Frigya vadisi olarak bilinen ve Seyitgazi İlçesi'ni de kapsayan bölge, Frigler'in dini merkeziydi. Bu bölge, Roma ve Bizans dönemlerinde Nacolea olarak bilinen önemli bir yerleşim yeriydi. Yöredeki eserlerin çoğu; Frig, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerinden kalmadır. Toplam 4783 adet olan eserlerin; 910 adeti arkeolojik, 1810 adeti etnografik, 2059 adeti sikke ve 4 adeti arşiv vesikasıdır. Bu eserlerin 46 adedi müzede sergilenmektedir. Sergilenen eserler arasında, Seyitgazi İlçe merkezinde bir hafriyat esnasında bulunan Roma Dönemine ait, kucağında çocuk taşıyan ve kolunda Nemea Aslanı'nın postu ile tasvir edilmiş mermer Herakles heykeli bulunmaktadır. Diğer sergilenen eserler; pişmiş toprak testiler-testicikler, mimarî parçalar, mermer heykelcikler, sikke ve mühürler, kaplar, silahlar, kılıçlar, sancaklar, alemler, şamdanlar, gümüş takılar ve giyim eşyalarıdır. Külliye avlusunda Roma ve Bizans Dönemine ait sütun altlıkları ve başlıkları, adak taşları, mezar taşları; Selçuklu Dönemine ait mezar taşları açık teşhir olarak mekânda sergilenmektedir.